特发性血小板减少症的病因目前尚未完全明确，可能与自身免疫、感染等因素有关。一般认为，自身免疫因素是较为重要的原因，约60% - 70%的特发性血小板减少症患者存在自身抗体相关异常。
自身免疫因素相关
自身抗体产生： 人体免疫系统可能错误地将自身血小板识别为外来异物，从而产生相应抗体。这些抗体与血小板结合后，会导致血小板被单核 - 巨噬细胞系统破坏。例如，体内的抗血小板抗体可以结合在血小板表面，使得血小板在脾脏等器官被吞噬清除，进而导致血小板数量减少。免疫调节异常： 机体的免疫调节机制出现紊乱，T淋巴细胞亚群失衡等情况可能参与其中。T淋巴细胞在免疫反应中起着重要的调节作用，当T淋巴细胞的功能出现异常时，会影响B淋巴细胞产生抗体的过程，使得抗血小板抗体的产生失去正常调控，进一步加重血小板的破坏。
感染因素相关
病毒感染： 某些病毒感染可能与特发性血小板减少症的发生有关。比如，风疹病毒、麻疹病毒、EB病毒等感染后，可能会引发机体的免疫反应异常。有研究发现，在病毒感染后的1 - 3周左右，部分患者会出现血小板减少的情况，可能是病毒感染改变了血小板的抗原性，从而诱发自身免疫反应攻击血小板。细菌感染： 一些细菌感染也可能参与特发性血小板减少症的发病。例如，幽门螺杆菌感染与特发性血小板减少症的关系有相关研究探讨。幽门螺杆菌感染后，机体的免疫反应可能会波及血小板，导致血小板的破坏增加，进而引起血小板数量下降。
其他可能因素
遗传因素： 虽然遗传因素在特发性血小板减少症发病中所占比例不是很高，但有一定的遗传易感性。研究发现，某些基因的多态性可能与特发性血小板减少症的发病相关。如果家族中有特发性血小板减少症患者，那么其他家庭成员患该病的风险可能会略有升高，但并不是绝对会发病。雌激素作用： 女性患者中，尤其是在青春期后和育龄期，特发性血小板减少症的发病率相对较高，这可能与雌激素有关。雌激素可以抑制血小板的生成，并且可能增强单核 - 巨噬细胞系统对血小板的吞噬作用，从而导致血小板数量减少。