肝囊肿的成因较为多样，其中先天性因素较为常见，约有90%的肝囊肿是因先天发育异常导致，比如在胚胎时期胆管发育出现障碍，就可能逐渐形成肝囊肿。
先天性发育异常相关
胆管发育异常： 在胚胎发育的早期阶段，胆管的形成出现异常情况，部分胆管结构发生改变，使得胆管局部扩张，进而逐渐形成肝囊肿。这种情况从胚胎时期就已埋下隐患，随着年龄增长可能逐渐显现。肝内迷走胆管： 胚胎发育过程中，肝内存在一些迷走的胆管组织，这些组织在后续生长发育中有可能形成囊肿样结构。
寄生虫感染因素
肝包虫囊肿： 主要是细粒棘球绦虫的幼虫感染所致。当人体摄入含有细粒棘球绦虫虫卵的食物后，虫卵在肠道内孵化出幼虫，幼虫通过血液循环到达肝脏，逐渐发育成肝包虫囊肿。在畜牧地区相对更常见，因为这类地区人们接触家畜等感染源的机会较多。其他寄生虫： 比如华支睾吸虫等寄生虫感染，也可能在一定程度上影响肝脏组织，引发类似囊肿样的改变，但相对肝包虫囊肿来说较为少见。
创伤及炎症因素
创伤性肝囊肿： 肝脏受到外力撞击等创伤后，肝脏内部的小胆管破裂，血液和组织液等积聚在局部，逐渐形成囊肿。这种情况通常有明确的外伤史，比如腹部受到剧烈撞击等。炎症性肝囊肿： 肝脏的一些慢性炎症，像胆管炎等，长期的炎症刺激会导致胆管狭窄、堵塞，胆汁淤积，进而形成囊肿。例如慢性胆管炎反复发作，就可能增加炎症性肝囊肿的发生风险。