怀孕三个月肚子隐隐作痛，可能是生理反应，也可能是病理现象，如先兆流产、阑尾炎等，需根据情况采取观察、用药、手术等措施。
一、生理反应。怀孕时子宫明显增大，会压迫盆腔组织，神经受刺激会出现轻微疼痛。而且进入孕中期后，子宫会有轻微收缩，活动或劳累时会感觉疼痛。这些都属于生理反应，通常多休息可自然缓解。比如：子宫增大压迫盆腔组织，这是孕期的正常生理变化，随着子宫的持续增大，对周围组织的压迫也会持续存在，但一般疼痛较为轻微且可忍受；而孕中期的子宫收缩，可能会偶尔出现，休息后能缓解。
二、先兆流产。如果疼痛较严重，甚至伴有阴道出血，可能是先兆流产，要及时去医院做B超等相关检查。若确定是这种情况，要用药保胎。如遵医嘱应用黄体酮胶囊、地屈孕酮片、保胎丸等。这是因为当出现先兆流产时，胚胎的稳定性受到威胁，通过药物补充孕激素等可以帮助维持妊娠。
三、阑尾炎。因阑尾发炎引起的腹痛，通常表现为右下腹疼痛，有的还会发热。若病情较轻可用药保守治疗，如遵医嘱应用头孢克肟片、阿莫西林胶囊等；若较严重则需手术切除阑尾。比如，对于阑尾炎较轻的情况，使用抗生素可以控制炎症，缓解症状；但如果阑尾炎症严重，手术切除是更为有效的解决办法。
此外，也可能是其他原因，如肠梗阻，要做胃肠减压以改善症状。
总之，怀孕三个月肚子隐痛的原因多样，需仔细甄别并采取相应措施，以保障孕妇和胎儿的健康。