怀孕三个月时肚子隐隐作痛可能是正常的生理现象，但也可能提示存在一些问题。以下是一些可能的原因：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长。这个过程中，子宫可能会出现牵拉感或隐痛。
2.韧带拉伸：子宫周围的韧带会随着子宫的增大而被拉伸，这也可能导致腹部隐痛。
3.消化问题：怀孕期间，消化系统可能会受到影响，如消化不良、便秘等，也可能引起腹部不适。
4.其他：如子宫肌瘤、先兆流产等，也可能导致腹部疼痛。
如果疼痛持续或加重，或伴有阴道流血、发热等症状，应及时就医，进行详细的检查和诊断。以下是一些应对建议：
1.注意休息：避免过度劳累和剧烈运动，尽量保持充足的睡眠。
2.调整饮食：注意饮食的均衡和卫生，避免食用刺激性食物和冷饮。
3.缓解压力：保持心情愉悦，避免紧张和焦虑情绪。
4.按时产检：按照医生的建议定期进行产前检查，及时了解胎儿的发育情况。
需要注意的是，每个人的身体状况和怀孕情况都不同，如果对腹部疼痛有任何疑虑或担忧，应及时咨询医生的意见。医生会根据具体情况进行评估，并提供个性化的建议和指导。同时，在怀孕期间，应注意观察身体变化，如有异常应及时就医，以保障自身和胎儿的健康。