怀孕三个月肚子隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长发育。在这个过程中，子宫可能会出现牵拉、收缩等不适感，从而引起肚子隐隐作痛。这种疼痛通常是轻微的，而且是间歇性的，不会持续很长时间。
2.子宫韧带拉伸：怀孕后，子宫周围的韧带会被拉伸，以适应子宫的增大。这种拉伸也可能会引起肚子隐隐作痛，尤其是在变换体位或活动时。
3.胃肠道问题：怀孕后，孕激素水平的升高可能会影响胃肠道的蠕动和消化功能，导致胃肠道不适，如腹胀、腹痛等。
4.其他原因：如先兆流产、宫外孕、子宫肌瘤等，也可能会引起肚子隐隐作痛。
需要注意的是，如果肚子隐隐作痛的同时，还伴有阴道出血、破水、发热等症状，或者疼痛持续时间较长、程度较重，应及时就医，以排除其他潜在的问题。此外，在怀孕期间，应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，均衡饮食，定期产检。如果对肚子隐隐作痛的原因存在疑虑或担忧，也可以咨询医生，以获得更专业的建议和指导。