怀孕三个月肚子隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长发育。在这个过程中，子宫可能会出现牵拉痛或不适感，通常为轻微的隐痛或胀痛，休息后可缓解。
2.子宫韧带拉伸：怀孕后，子宫周围的韧带会被拉伸，以适应子宫的增大。这也可能导致肚子隐隐作痛，尤其是在变换体位或活动时。
3.胃肠道问题：怀孕后，孕激素水平的升高可能会影响胃肠道的蠕动和消化功能，导致消化不良、胃胀、胃痛等症状。这些问题也可能引起肚子隐隐作痛。
4.其他：如果肚子隐痛同时伴有阴道出血、破水、腰痛等症状，可能是先兆流产、早产、胎盘早剥等严重问题的表现，需要及时就医。
如果肚子隐痛不严重，没有其他异常症状，可以先观察，注意休息，避免剧烈运动和性生活。如果疼痛持续加重或伴有其他异常症状，应及时就医，进行详细的产前检查，以确保胎儿的安全。
此外，孕期需要注意以下事项：
1.保持良好的生活习惯，均衡饮食，适量运动，保证充足的睡眠。
2.避免接触有害物质，如化学物质、辐射等。
3.按照医生的建议进行产前检查，及时发现和处理问题。
4.注意个人卫生，保持外阴清洁。
5.放松心情，避免紧张和焦虑。