怀孕三个月肚子隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长发育。在这个过程中，子宫可能会出现牵拉、扩张等变化，引起轻微的疼痛。
2.韧带拉伸：随着子宫的增大，连接子宫的韧带也会被拉伸，这可能会导致腹部出现隐痛或牵扯感。
3.其他因素：如消化不良、腹部受凉、便秘等，也可能引起腹部不适。
如果疼痛不严重，没有伴随其他症状，如阴道出血、破水、剧烈腹痛等，通常不需要特殊处理，注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态即可。但如果疼痛持续加重或伴有其他异常症状，应及时就医，进行相关检查，以排除其他潜在的问题，如先兆流产、宫外孕等。
此外，在孕期，应注意保持良好的生活习惯，如合理饮食、适量运动、定期产检等，以保障自身和胎儿的健康。如果对孕期的任何不适或疑问，都应及时与医生沟通，以便获得专业的建议和指导。