呆小症主要是由于甲状腺激素合成或分泌不足导致的。胎儿或婴幼儿时期甲状腺功能低下，就可能引发呆小症，其中约70%的病例是因母体孕期碘缺乏引起，因为碘是合成甲状腺激素的重要原料，母体缺碘会影响胎儿甲状腺激素合成。
一、母体因素导致
孕期碘摄入不足： 碘是合成甲状腺激素的关键原料，女性在怀孕期间如果碘摄入不足，就会影响胎儿甲状腺激素的合成。比如，一些地区的土壤、水源中碘含量偏低，当地孕妇饮食中碘的摄取不够，就容易造成胎儿甲状腺激素合成不足，进而增加胎儿患呆小症的风险。据统计，因母体孕期碘缺乏导致的呆小症病例占比能达到70%左右。母体甲状腺疾病： 孕妇自身患有某些甲状腺疾病，像自身免疫性甲状腺炎等，会影响甲状腺激素的正常合成与分泌，从而影响胎儿甲状腺功能。例如，自身免疫性甲状腺炎会使母体产生攻击甲状腺的抗体，破坏甲状腺组织，影响甲状腺激素生成，致使胎儿在发育过程中甲状腺激素供应不足，引发呆小症。
二、胎儿自身因素导致
甲状腺发育异常： 胎儿在发育过程中，甲状腺发育出现问题，比如甲状腺缺如或者发育不全，就无法正常合成甲状腺激素。这可能是胚胎发育过程中相关基因异常等原因导致甲状腺组织不能正常形成，使得胎儿自身不能产生足够的甲状腺激素，影响生长发育，尤其是脑和骨骼的发育，进而引发呆小症。甲状腺激素合成酶缺陷： 胎儿体内编码甲状腺激素合成酶的基因发生突变，会导致甲状腺激素合成酶缺乏，影响甲状腺激素的合成。例如，参与甲状腺激素合成过程中某一关键步骤的酶出现缺陷，就会使甲状腺激素合成受阻，造成胎儿甲状腺激素水平低下，引发呆小症。
三、其他因素导致
低出生体重： 胎儿出生时体重过低，也可能与呆小症的发生相关。低出生体重儿往往在宫内发育时就可能存在甲状腺功能相对不足的情况，再加上出生后自身甲状腺功能可能尚未完全成熟，更容易出现甲状腺激素缺乏的状况，增加患呆小症的几率。一般来说，出生体重低于2500克的低出生体重儿，后续发生呆小症的风险相对较高。环境中的致甲状腺肿物质： 胎儿所处环境中存在一些致甲状腺肿物质，如某些药物、食物中的成分等，也可能干扰甲状腺激素的合成。比如，一些药物可能会抑制甲状腺激素的合成过程，若胎儿在宫内接触到这类物质，就可能影响甲状腺功能，导致甲状腺激素分泌不足，引发呆小症。