手足口病的病原体主要是肠道病毒，其中肠道病毒71型（EV71）和柯萨奇病毒A组16型（CVA16）是引起手足口病的主要病原体。超过一半的手足口病由肠道病毒71型引起，它导致的重症和死亡病例占比较高。
肠道病毒71型（EV71）
病毒特点：EV71属于小RNA病毒科肠道病毒属，病毒颗粒呈球形，无包膜，耐酸、耐乙醚。它在外界环境中有一定抵抗力，能在污水、粪便中存活较长时间。传播方式：主要通过密切接触传播，比如接触被病毒污染的手、毛巾、玩具等物品；也可通过呼吸道飞沫传播，比如患者打喷嚏、咳嗽产生的飞沫中带有病毒，他人吸入后可能被感染。
柯萨奇病毒A组16型（CVA16）
病毒特点：CVA16也是小RNA病毒科肠道病毒属，病毒形态与EV71相似。它在体外的存活能力也较强，在合适的环境条件下能存活数天。传播途径：同样以密切接触传播为主，像与感染CVA16的患儿共用物品等容易被传染；同时也可能通过消化道传播，比如食用被病毒污染的食物后感染。
其他肠道病毒
除了EV71和CVA16外，还有其他一些肠道病毒也可引起手足口病，比如柯萨奇病毒A组的其他型别（如A2、A4、A5、A7、A9等）以及肠道病毒A组的其他型别等。这些病毒引起的手足口病症状相对EV71和CVA16引起的可能稍轻，但也需要引起重视。它们的传播方式与前面提到的主要病原体类似，也是通过密切接触、呼吸道飞沫等途径传播。例如柯萨奇病毒A组9型引起的手足口病，也会导致患儿出现发热、手、足、口部位出现皮疹或疱疹等症状，只是重症发生概率相对较低，但仍需做好防护和监测。