胃肠功能紊乱可使用调节胃肠动力、调节肠道菌群等药物来改善症状。一般来说，常用的药物有马来酸曲美布汀、双歧杆菌四联活菌片等。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 能促进胃肠蠕动，加快胃的排空，缓解腹胀、早饱等症状，它主要作用于胃肠壁，可增加胃肠道的蠕动和张力。莫沙必利： 也是促进胃肠动力的药物，适用于功能性消化不良伴有胃灼热、嗳气、恶心、呕吐、早饱、上腹胀等症状。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善因肠道菌群失调引起的胃肠功能紊乱。比如它可以在肠道内形成生物屏障，抑制有害菌的生长繁殖。枯草杆菌二联活菌颗粒： 同样是调节肠道菌群的药物，能补充肠道有益菌，促进肠道正常蠕动，对胃肠功能紊乱有一定的调节作用。
抑制胃酸分泌类药物
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，能抑制胃酸分泌，对于胃肠功能紊乱伴有胃酸过多引起的胃痛、反酸等症状有缓解作用。它通过特异性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制胃酸分泌的最后步骤。兰索拉唑： 也是抑制胃酸分泌的药物，作用机制与奥美拉唑类似，可用于治疗胃肠功能紊乱相关的胃酸分泌过多情况。
对症治疗的其他药物
复方消化酶胶囊： 如果胃肠功能紊乱伴有消化不良的情况，可使用该药物。它含有多种消化酶，能促进食物的消化，改善消化不良引起的腹胀、食欲不振等症状。蒙脱石散： 当胃肠功能紊乱出现腹泻症状时，蒙脱石散可以起到保护肠道黏膜、吸附毒素的作用，帮助缓解腹泻症状。但使用时要注意按照正确的方法服用，避免过量导致便秘等问题。