胃肠功能紊乱可以使用一些调节胃肠动力、改善消化的药物。比如促胃肠动力药多潘立酮，它能促进胃肠道蠕动，一般能在一定程度上缓解胃肠功能紊乱引起的腹胀等不适，但具体效果因个体差异而异。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 属于外周多巴胺受体阻滞剂，能直接作用于胃肠壁，增加食管下部括约肌张力，防止胃-食管反流，增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，从而缓解胃肠功能紊乱导致的消化不良、腹胀、嗳气等症状。不过，1岁以下婴儿由于其血-脑屏障发育不完善，应用时可能导致神经系统不良反应，需谨慎。莫沙必利： 是选择性5-羟色胺4（5-HT4）受体激动剂，能促进乙酰胆碱的释放，刺激胃肠道而发挥促动力作用，可明显改善功能性消化不良患者的胃肠道症状，但对肠梗阻、胃肠道出血者禁用。
调节消化功能类药物
消化酶制剂： 如复方消化酶胶囊，含有胃蛋白酶、木瓜酶、淀粉酶、熊去氧胆酸等多种消化酶，能促进食物消化，增进食欲，适用于胃肠功能紊乱引起的消化不良，包括食欲缺乏、餐后腹胀等情况。但对本品过敏者禁用，急性胰腺炎早期患者和胆道完全闭锁患者要避免使用。乳酸菌素片： 可在肠道形成保护层，阻止病原菌、病毒的侵袭，刺激肠道分泌抗体，提高肠道免疫力，还能促进胃液分泌，增强消化功能。它适合因肠道菌群失调引起的胃肠功能紊乱，且安全性较高，儿童也可服用，但对乳酸菌素过敏者禁用。
调节精神心理类药物
氟哌噻吨美利曲辛片： 由氟哌噻吨和美利曲辛组成，适用于轻度至中度的胃肠功能紊乱且伴有焦虑、抑郁情绪的患者。氟哌噻吨可以抑制突触前膜对去甲肾上腺素和5-羟色胺的再摄取，提高突触间隙这些神经递质的含量；美利曲辛是一种双相抗抑郁药，低剂量具有兴奋特性。不过，患有兴奋或活动过多的抑郁症、严重的心脏疾病、闭角型青光眼等情况的患者禁用。如果患者本身有严重的肝脏疾病，也需谨慎使用。