胃肠功能紊乱可使用的药物有多种，比如调节胃肠动力的药物，像多潘立酮，它能促进胃肠蠕动，一般可缓解腹胀、早饱等症状；还有调节肠道菌群的药物，例如双歧杆菌四联活菌片，能调节肠道内的菌群平衡，改善肠道功能。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 属于外周多巴胺受体拮抗剂，能直接作用于胃肠壁，增加食管下括约肌张力，防止胃-食管反流，增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，从而缓解消化不良、腹胀、嗳气、恶心、呕吐等症状。不过，孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利： 是选择性5-羟色胺4（5-HT4）受体激动剂，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善功能性消化不良的相关症状，如早饱、餐后饱胀、上腹胀痛等。但对莫沙必利过敏者禁用，胃肠道出血、肠梗阻或穿孔者禁用。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等肠道有益菌，可直接补充正常生理细菌，调整肠道菌群平衡，抑制并清除肠道中对人具有潜在危害的细菌。不过，应避免与抗菌药物同服，如需服用，需间隔2-3小时。枯草杆菌二联活菌颗粒： 含有枯草杆菌和肠球菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的。但要注意，服用时水温不宜超过40℃。
抑制胃酸分泌类药物
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，能特异性地抑制胃壁细胞质子泵系统而抑制胃酸分泌。可用于治疗胃溃疡、十二指肠溃疡、应激性溃疡、反流性食管炎和卓-艾综合征等。不过，严重肾功能不全者及婴幼儿禁用，孕妇及哺乳期妇女慎用。雷贝拉唑： 也是质子泵抑制剂，通过抑制胃酸分泌来缓解胃肠功能紊乱相关的胃酸过多引起的不适症状，如胃痛、反酸等。对雷贝拉唑钠、苯并咪唑替代品过敏者禁用，孕妇和哺乳期妇女慎用。