扁桃体结石主要是由于扁桃体隐窝内的分泌物堆积、钙化形成的。正常情况下，扁桃体表面有许多小隐窝，当分泌物、细菌、食物残渣等混合在一起，长时间滞留其中，逐渐钙化就会形成扁桃体结石。
隐窝结构因素：
隐窝深窄： 人的扁桃体表面有很多深浅不一的隐窝，其中腭扁桃体的隐窝最深，有的深度可达1~2厘米。这些深而窄的隐窝就为分泌物等的滞留提供了条件，容易让物质堆积在里面。比如，当我们吞咽时，一些物质可能就会残留在这些隐窝里。上皮细胞脱落： 扁桃体的上皮细胞会不断更新脱落，正常情况下这些脱落的细胞会随着分泌物等被排出，但如果隐窝结构异常，上皮细胞脱落堆积在隐窝内，就增加了形成结石的风险。
细菌感染因素：
细菌作用： 口腔内存在大量细菌，当细菌在扁桃体隐窝内繁殖时，会参与到结石的形成过程中。细菌产生的一些物质会促进分泌物的黏稠度增加，使得物质更不容易排出，进而逐渐形成结石。例如，链球菌等常见的口腔细菌，就可能在其中起到一定作用。炎症刺激： 扁桃体发生炎症时，会导致隐窝口阻塞，使得分泌物引流不畅。炎症还会刺激上皮细胞过度增生，进一步加重隐窝的阻塞情况，为结石形成创造更有利的环境。比如，经常反复的扁桃体炎患者，扁桃体结石的发生率相对会更高一些。
饮食生活因素：
食物残渣残留： 我们进食后，一些食物残渣容易嵌塞在扁桃体隐窝中。如果不注意口腔清洁，这些食物残渣就会长期留存。比如吃了一些纤维较多的食物，可能就会有残渣留在隐窝里，加上细菌等作用，就增加了结石形成的可能。口腔卫生差： 长期不认真刷牙、漱口，口腔卫生状况不佳，会让更多的细菌、食物残渣等在口腔内积聚，进而影响到扁桃体隐窝。比如每天刷牙不彻底，口腔内细菌数量增多，就会加大扁桃体结石形成的几率。