怀孕50天做B超看不到孕囊，可能是以下原因导致的。
1.受孕时间较短：虽然末次月经是怀孕的起点，但实际受孕时间可能比末次月经晚，孕囊还没有发育到可以通过B超看到的程度。
2.宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，俗称宫外孕。宫外孕时，孕囊可能无法在子宫内正常发育，导致B超看不到孕囊。
3.生化妊娠：指发生在妊娠5周内的早期自然流产，受精卵着床失败，血B-HCG一过性升高后很快下降，仅表现为月经延迟、量稍增多。
4.胚胎发育不良：如果孕囊的发育速度缓慢或停止发育，也可能导致B超看不到孕囊。
5.其他：子宫肌瘤、子宫内膜息肉等子宫疾病，也可能影响孕囊的着床和发育。
如果怀孕50天做B超看不到孕囊，医生可能会建议进行以下检查和处理。
1.复查B超：隔几天再进行一次B超检查，以确定孕囊的位置和发育情况。
2.血HCG和孕酮检测：通过检测血液中的HCG和孕酮水平，了解胚胎的发育情况。
3.其他检查：如宫腔镜检查、腹腔镜检查等，以排除子宫其他疾病的可能。
4.观察和等待：如果医生认为孕囊可能还在继续发育，或者其他检查结果正常，可以选择观察和等待，定期复查B超。
5.终止妊娠：如果确诊为宫外孕、生化妊娠或胚胎发育不良，可能需要终止妊娠，采取相应的治疗措施。
需要注意的是，每个人的情况都不同，具体的诊断和治疗方案需要根据个人的具体情况而定。如果对检查结果有疑问或担忧，应及时与医生沟通，遵循医生的建议进行进一步的检查和治疗。同时，在等待检查结果和治疗期间，应保持良好的心态，注意休息和营养，避免剧烈运动和性生活。