喉咙交替性疼痛可能是由慢性咽炎、扁桃体炎导致的。针对不同的情况可给予相应药物治疗，比如碘含片、西瓜霜含片、阿莫西林、头孢克洛等。
一、慢性咽炎
这是咽部粘膜、粘膜下及淋巴组织出现的慢性炎症。由于炎症持续对咽喉粘膜产生刺激，会引起咽喉部反复疼痛，且会有咽喉部交替性疼痛、反复出现的咽喉异物感、刺激性咳嗽等表现。在治疗方面，首先要改善不良的日常习惯，例如戒掉烟酒、避免长时间接触粉尘和有害气体等。其次，可在专业医生的指导下，运用复方硼砂溶液来清洗口腔、口咽，或者含服西瓜霜含片、碘含片等药物进行治疗。
二、扁桃体炎
这是由致病微生物引发的感染性疾病。当细菌感染到双侧扁桃体时，会出现双侧扁桃体红肿、交替性疼痛，疼痛往往比较剧烈，还可能伴有发烧等症状。一般对于感染性扁桃体炎症，比较适宜接受抗生素治疗，临床上常用的抗生素有阿莫西林、头孢克洛、泼尼松片等。
总之，当出现喉咙交替性疼痛时，要明确具体病因，然后采取针对性的治疗措施，以缓解症状，促进恢复。