初生婴儿黄疸过高多因胆红素代谢特点所致。新生儿出生后，体内红细胞破坏增多，而肝脏对胆红素的摄取、结合和排泄功能尚未成熟，约60%足月儿和80%早产儿在生后2 - 3天会出现生理性黄疸，但部分情况是病理性黄疸引起，比如红细胞增多症，常见于脐带结扎延迟等情况，使得红细胞数量过多，破坏产生更多胆红素；还有血型不合溶血病，如ABO血型不合或Rh血型不合，母亲血型与胎儿血型不合，导致胎儿红细胞被母体抗体破坏，胆红素生成增加。
胆红素生成过多方面
红细胞增多症： 当脐带结扎过晚时，可使胎儿从胎盘获取更多血液，造成红细胞增多，出生后这些过多的红细胞被破坏，产生大量胆红素，就易引发黄疸过高。一般有脐带结扎延迟史的婴儿要警惕。同族免疫性溶血： ABO血型不合较为常见，母亲血型为O型，胎儿血型为A型或B型时易发生；Rh血型不合虽较少见，但一旦发生，病情往往较重。这类溶血会使胎儿红细胞大量破坏，胆红素生成明显增多。
肝脏胆红素代谢障碍方面
肝脏摄取胆红素能力低下： 新生儿肝脏内Y、Z蛋白含量低，出生后1 - 2周才达到成人水平，所以摄取胆红素的能力有限，若胆红素产生过多，就容易超出肝脏摄取能力，导致黄疸过高。肝脏结合胆红素功能不足： 肝细胞内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶（UDPGT）的量及活性不足，使得未结合胆红素不能充分转化为结合胆红素，从而堆积在体内引发黄疸。早产儿这种酶的活性更低，发生黄疸过高的风险相对更高。
胆汁排泄障碍方面
新生儿肝炎： 多由病毒感染引起，如乙型肝炎病毒、巨细胞病毒等，感染后肝脏细胞受损，影响胆红素的代谢和排泄，导致胆红素在体内积聚，出现黄疸过高的情况。先天性胆道闭锁： 这是一种先天性疾病，胆道发育异常，胆汁排泄受阻，胆红素无法正常排出体外，进而使血液中胆红素水平升高，黄疸持续存在且进行性加重。