初生婴儿黄疸偏高主要是因为胆红素代谢特点导致的。新生儿出生后，胆红素产生相对较多，而肝脏对胆红素的摄取、结合和排泄能力不足，约60%足月儿和80%早产儿在生后2-3天会出现生理性黄疸，通常足月儿黄疸在2周内消退，早产儿在3-4周内消退。
胆红素生成过多
红细胞数量多且寿命短： 新生儿红细胞数量比成人多，且红细胞寿命相对较短，约70-90天，而成人红细胞寿命约120天，所以胆红素生成量多。比如足月新生儿红细胞破坏后产生的胆红素量，约为成人的2倍。旁路胆红素来源多： 新生儿体内旁路胆红素（非血红蛋白的血红素）较多，这些旁路胆红素也会参与胆红素的生成，使得胆红素产生进一步增加。
肝脏胆红素代谢障碍
摄取胆红素能力不足： 新生儿肝脏内Y、Z蛋白含量低，在出生后1周左右才达到成人水平，Y、Z蛋白是肝细胞摄取胆红素的重要载体，所以新生儿摄取胆红素的能力较弱。结合胆红素能力不足： 肝细胞内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶（UDPGT）活性低且受限制，该酶是将未结合胆红素转化为结合胆红素的关键酶，所以新生儿结合胆红素的能力不足，导致未结合胆红素在体内积聚。
胆汁排泄障碍
胆道排泄功能不完善： 新生儿胆道排泄胆红素的功能还不完善，尤其是早产儿，更容易出现胆汁排泄障碍，使得结合胆红素排出受阻，从而导致胆红素在体内堆积，引起黄疸偏高。比如早产儿的胆道系统发育相对更不成熟，胆汁排泄障碍的发生率比足月儿高。肠肝循环特点： 新生儿肠道内正常菌群尚未完全建立，肠道内的β-葡萄糖醛酸苷酶活性较高，可将结合胆红素水解成未结合胆红素，又重新被肠道吸收进入肝肠循环，进一步加重了胆红素的堆积，导致黄疸偏高。