肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染导致。比如肛腺发生感染后，炎症会向周围蔓延，从而形成脓肿。
肛腺感染引发的原因
肛腺开口位置因素： 肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，而肛窦形状像口袋，开口向上，粪便容易积存于此，进而容易引发肛腺感染。当粪便中的细菌等病原体进入肛窦，就可能感染肛腺，之后炎症扩散就可能形成肛周脓肿。肛腺自身特点影响： 肛腺是一种管状结构，一旦感染，炎症很容易在腺体内蔓延，并且向周围的间隙扩散，因为肛周有多个潜在的间隙，炎症可在这些间隙中蔓延形成脓肿。
肛周皮肤感染导致
皮肤损伤引发： 肛周皮肤如果有外伤，比如擦伤、刺伤等，细菌就容易侵入皮肤伤口进而感染。例如，有些人因久坐导致肛周皮肤长时间受压，局部皮肤抵抗力下降，再加上轻微的擦伤，就可能让细菌有可乘之机，引发感染形成脓肿。毛囊炎等疾病扩散： 肛周部位的毛囊炎如果没有得到及时有效的治疗，炎症可能会向周围组织扩散，进而引发肛周脓肿。比如肛周的单个毛囊发生炎症，若没有正确处理，炎症逐渐加重，累及周围组织就会形成脓肿。
身体免疫力低下相关
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体的免疫力会受到影响，容易受到细菌感染。据统计，糖尿病患者发生肛周脓肿的几率比正常人要高。因为高血糖环境有利于细菌生长繁殖，而且患者自身的抗感染能力下降，一旦有细菌侵入肛周组织，就更容易引发感染形成脓肿。长期服用免疫抑制剂人群： 像一些器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，他们的免疫系统处于被抑制状态，身体抵御细菌等病原体的能力减弱。这类人群肛周受到细菌感染后，就较难依靠自身免疫力来控制炎症，容易发展成肛周脓肿。