肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的。据临床统计，约90%的肛周脓肿与肛腺感染相关。
肛腺感染引发的原因
肛腺开口位置： 肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦容易积存粪便，一旦粪便中的细菌侵入肛腺，就容易引发感染。比如，长期便秘的人，大便干结容易擦伤肛窦，从而增加细菌感染肛腺的风险。肛腺蔓延： 感染的肛腺会向周围蔓延，形成肛周脓肿。感染可能沿着肛管括约肌间隙扩散，累及不同部位的组织，导致肛周不同位置出现脓肿。
免疫力低下导致
自身免疫力因素： 当人体免疫力低下时，比如患有糖尿病且血糖控制不佳的人群，身体抵抗细菌感染的能力下降，就更容易受到肛腺等部位细菌的侵袭，引发肛周脓肿。一般来说，糖尿病患者血糖长期高于正常范围（如空腹血糖≥7.0mmol/L，餐后2小时血糖≥11.1mmol/L）时，发生肛周脓肿的几率会明显增加。疾病影响免疫力： 一些慢性疾病，像艾滋病患者，由于免疫系统被破坏，对各种病原体的抵御能力极弱，也更容易患上肛周脓肿。
肛周损伤引发
外伤因素： 肛门部位受到外伤，比如异物刺伤、肛门指检操作不当等，都可能使细菌进入肛周组织引发感染。例如，肛门部位被尖锐物体刺伤后，细菌随之进入，若没有及时处理，就可能引发肛周脓肿。医源性损伤： 在一些医疗操作中，也可能导致肛周感染引发脓肿。比如肠镜检查时，如果操作不规范，可能会损伤肛管直肠黏膜，从而让细菌有可乘之机，引发肛周脓肿。