肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，大约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染所致。
肛腺感染引发肛周脓肿
肛腺位置与结构： 肛腺位于肛管直肠周围，开口于肛窦。肛窦容易积存粪便，若粪便进入肛窦，就可能导致肛腺感染。一旦肛腺感染，炎症会向周围组织蔓延，从而引发肛周脓肿。比如，长期便秘的人，粪便干结容易擦伤肛窦，增加肛腺感染的风险。感染扩散途径： 感染的肛腺会沿着肛管直肠周围的间隙蔓延。因为肛管直肠周围有多个间隙，感染可在这些间隙内扩散，形成不同部位的肛周脓肿，像坐骨直肠窝脓肿、骨盆直肠窝脓肿等都可能由此而来。
局部损伤导致肛周脓肿
外伤因素： 肛门部位受到外伤，如被异物刺伤、肛门直肠手术操作不当等，都可能使细菌侵入肛门周围组织，引发感染形成脓肿。例如，进行肛门指检时，如果操作粗暴，可能会损伤肛管直肠黏膜，为细菌入侵创造条件。医源性损伤： 在一些肛门直肠相关的医疗操作中，如肠镜检查、肛瘘手术等，如果消毒不严格或者操作不规范，也可能导致肛周感染进而形成脓肿。比如肠镜检查时，若肠道准备不充分，肠道内细菌较多，检查过程中就可能将细菌带入肛门周围组织引发感染。
全身抵抗力下降诱发肛周脓肿
营养不良人群： 长期营养不良的人，身体抵抗力较弱，容易受到细菌感染。比如一些贫困地区的人群，由于饮食中缺乏蛋白质等营养物质，身体免疫力低下，患肛周脓肿的几率相对较高。患有基础疾病者： 像糖尿病患者，高血糖环境有利于细菌生长繁殖，而且糖尿病患者自身抵抗力较差，容易发生各种感染，包括肛周脓肿。据统计，糖尿病患者患肛周脓肿的风险比正常人要高2 - 3倍。另外，艾滋病患者由于免疫系统受损，也容易出现肛周脓肿等机会性感染。