头皮毛囊炎通常可以外用抗生素类药物来改善，比如莫匹罗星软膏，一般连续使用几天到一周左右可能会有效果。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 它对多种革兰阳性球菌有抗菌作用，能抑制细菌蛋白质的合成，从而起到杀菌消炎的作用，可用于治疗细菌感染引起的头皮毛囊炎。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌活性，能帮助减轻头皮毛囊炎处的炎症、红肿等症状。
抗真菌类药物
酮康唑洗剂： 如果头皮毛囊炎是由真菌感染引起的，酮康唑洗剂就比较适用。它可以抑制真菌细胞膜的合成，影响真菌代谢，从而发挥抗真菌功效，一般每周使用2 - 3次，连续使用几周可能会看到效果。联苯苄唑乳膏： 同样是针对真菌的药物，能抑制真菌的生长繁殖，对于因真菌感染导致的头皮毛囊炎有治疗作用，每天使用1 - 2次涂抹在患处。
中药类外用药
金黄散： 可以用醋或白酒调成糊状后外敷在头皮毛囊炎部位，有清热解毒、消肿止痛的作用，能帮助缓解头皮毛囊炎引起的红肿疼痛等症状。鱼石脂软膏： 有温和的刺激性，能起到消炎、消肿、促进脓肿成熟的作用，对于头皮毛囊炎有一定的治疗效果，局部涂抹即可，但要注意避免接触眼睛和其他黏膜部位。需要注意的是，使用药物前最好先清洁头皮，保持头皮清洁干燥有助于药物更好地发挥作用。如果头皮毛囊炎比较严重，或者经过外用药物治疗效果不佳，可能还需要结合口服药物等其他治疗方法，同时要避免搔抓头皮，防止感染加重。而且不同原因引起的头皮毛囊炎用药会有差异，所以最好在医生的指导下选择合适的药物。