头皮毛囊炎通常可以使用抗生素类药物来治疗。一般来说，外用的抗生素软膏较为常用，比如莫匹罗星软膏，它可以抑制细菌生长，帮助缓解头皮毛囊炎的症状。
外用抗生素药物
莫匹罗星软膏： 属于外用的抗生素，能针对引起头皮毛囊炎的常见细菌发挥作用，抑制细菌蛋白质的合成，从而达到抗菌消炎的效果。一般直接涂抹在头皮患处即可。夫西地酸乳膏： 也是外用抗生素，对引起毛囊炎的葡萄球菌等有较好的抗菌活性，能减轻头皮的炎症、红肿等表现。
外用抗真菌药物
酮康唑洗剂： 如果头皮毛囊炎是由真菌感染引起的，酮康唑洗剂就比较适用。它可以抑制真菌细胞膜的合成，影响真菌代谢，从而起到抗真菌的作用。使用时将洗剂涂抹在头皮上，按摩几分钟后冲洗干净。二硫化硒洗剂： 同样可用于真菌引起的头皮毛囊炎，能抑制表皮细胞的生长，减少皮脂分泌，并有一定的抗真菌和抑菌作用。
口服药物情况
抗生素类口服药： 如果头皮毛囊炎比较严重，或者外用药物效果不佳时，可能会用到口服抗生素。比如头孢类抗生素，但使用前需要确定患者不对头孢过敏。口服抗生素可以从全身角度抑制细菌感染，控制炎症扩散。不过口服抗生素需要在医生的严格指导下使用，因为要考虑药物的适应证、禁忌证等情况。抗真菌口服药： 当真菌感染导致的头皮毛囊炎比较顽固时，可能会用到抗真菌口服药，像伊曲康唑等，但这类药物有一定的肝毒性等副作用，使用时需要监测肝功能等指标，并且要在医生的专业评估后使用。
注意事项
在使用这些药物治疗头皮毛囊炎时，首先要注意保持头皮清洁，洗头时不要用力搔抓头皮，以免加重炎症。如果是外用药物，要按照正确的方法涂抹。对于口服药物，一定要遵循医生的嘱咐，不能自行随意增减剂量或停药。同时，要注意观察用药后的反应，如果出现过敏等不适症状，应立即停药并就医。