头皮上的毛囊炎可以根据病情选择合适的药物。一般来说，外用药物和口服药物是常见的治疗方式。比如轻度的头皮毛囊炎，外用药物可能就有较好的效果。
外用药物选择
抗生素类外用药：
莫匹罗星软膏：这是一种常用的外用抗生素，对多种革兰阳性球菌有抗菌作用，能抑制细菌的生长繁殖，从而缓解头皮毛囊炎的炎症。它可以直接涂抹在头皮的患处，每天涂抹2 - 3次。夫西地酸乳膏：对引起毛囊炎的金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌活性，能有效减轻头皮毛囊炎的红肿、疼痛等症状，使用时也是取适量均匀涂抹于患处。
口服药物情况
细菌感染引起的毛囊炎：
头孢类抗生素：如果头皮毛囊炎是由细菌感染较为严重引起的，可能会用到头孢类药物。不过头孢类药物有多种，需要在医生判断是细菌感染且适合使用头孢类时才会选用，它通过抑制细菌细胞壁的合成来发挥杀菌作用。阿莫西林：属于青霉素类抗生素，对于敏感菌引起的头皮毛囊炎有一定的治疗作用，能帮助消除炎症，但使用前需要确认患者不对青霉素过敏。
针对真菌感染的药物
抗真菌外用药：
酮康唑洗剂：如果头皮毛囊炎是由真菌感染引起的，酮康唑洗剂有一定效果。它可以抑制真菌细胞膜的合成，影响真菌的代谢，每周使用2 - 3次，洗头后让洗剂在头皮上停留几分钟再冲洗。特比萘芬乳膏：也是抗真菌的外用药物，能抑制真菌角鲨烯环氧化酶，干扰真菌细胞壁的合成，从而发挥抗真菌作用，涂抹在头皮患处即可。
抗真菌口服药：
伊曲康唑：如果头皮真菌感染比较严重，可能会用到伊曲康唑。它可以选择性地抑制真菌细胞色素P450酶，影响真菌麦角固醇的合成，进而发挥抗真菌效应，但使用时需要严格遵循医生的指导，因为它对肝脏等有一定影响，需要监测肝功能等指标。在使用这些药物治疗头皮毛囊炎时，要注意保持头皮的清洁卫生，避免搔抓头皮，以免加重感染。同时，如果是儿童、孕妇等特殊人群，使用药物需要更加谨慎，一定要在医生的指导下进行，因为不同人群对药物的耐受性等情况不同。