月经少黑的主要原因有多种。一般来说，内分泌失调是常见原因之一，比如多囊卵巢综合征，约有1/3的多囊卵巢综合征患者会出现月经稀少、色黑的情况；而甲状腺功能减退也可能影响月经，甲状腺激素分泌不足会导致机体代谢减慢，进而影响月经，使经量减少且颜色发黑。
内分泌因素导致
多囊卵巢综合征： 除了月经少黑，还常伴有肥胖、多毛等表现。它是一种常见的内分泌代谢疾病，由于体内激素失衡，卵巢排卵异常，从而影响月经周期和经量。甲状腺功能减退： 除了月经异常，患者还会有怕冷、乏力、水肿等表现。甲状腺是调节身体代谢的重要器官，甲状腺功能减退时，身体代谢速率降低，会波及月经的正常状态。
子宫内膜因素引发
人工流产等宫腔操作： 多次人工流产会损伤子宫内膜，使子宫内膜变薄，从而导致月经量减少且颜色发黑。比如，进行过2次及以上人工流产的女性，出现月经少黑的几率相对较高。子宫内膜粘连： 宫腔粘连多由宫腔操作、炎症等引起，子宫内膜粘连会阻碍经血排出，导致月经少黑，同时可能伴有周期性腹痛。
生活方式影响
过度节食： 长期过度节食会使身体摄入能量不足，导致体内脂肪含量过低，影响雌激素的合成，进而引起月经少黑。例如，为了减肥连续3个月以上每天摄入热量低于1200千卡的女性，容易出现月经问题。长期熬夜： 经常熬夜会打乱人体的生物钟，影响内分泌系统的正常功能，从而导致月经少黑。长期熬夜超过1个月的女性，月经异常的概率会明显增加。