肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿由肛腺阻塞感染所致。肛腺开口在肛窦处，若肛窦因粪便损伤等发生炎症，就会累及肛腺，引发感染，进而向周围组织蔓延形成脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便中的异物、粗糙粪便等容易损伤肛窦，据统计，约85%的肛周脓肿患者存在肛窦损伤情况。比如长期便秘的人，排便时粪便过硬，就容易擦伤肛窦，为细菌入侵创造条件。肛窦炎症： 当肛窦发生炎症后，肛腺分泌受阻，感染就容易在肛腺内扩散。炎症若不及时控制，就会沿着肛管直肠周围的间隙蔓延，形成肛周脓肿。
身体免疫力因素
免疫力低下人群： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，更容易患上肛周脓肿，有研究表明，糖尿病患者肛周脓肿的发生率比正常人高2~5倍。比如一位糖尿病患者，血糖长期处于10mmol/L以上，没有得到有效控制，就比血糖正常的人更易出现肛周感染进而形成脓肿。长期患病或服用免疫抑制剂者： 像艾滋病患者，自身免疫系统被破坏，免疫力极低，患肛周脓肿的风险大大增加；还有长期服用糖皮质激素等免疫抑制剂的人，也会使机体免疫力降低，容易引发肛周感染形成脓肿。
局部卫生因素
不注意肛门清洁： 日常不经常清洗肛门，会导致细菌在肛周堆积，增加感染肛腺的机会。例如一些老年人行动不便，不能很好地清洁肛门周围，就更容易患上肛周脓肿。肛周皮肤破损： 肛周皮肤有擦伤、湿疹等破损情况时，细菌容易从破损处侵入肛腺。比如肛周患有湿疹的人，搔抓后皮肤破损，就可能引发肛腺感染，进而形成肛周脓肿。