扁平疣治疗常用的药膏有多种，一般可以使用维A酸类药膏，比如0.1%维A酸乳膏，它能调节表皮细胞的分化，促使疣体消退，但起效相对较慢，可能需要数周甚至数月才能看到明显效果。
维A酸类药膏：
0.1%维A酸乳膏： 通过影响角质形成细胞的生长和分化来发挥作用，不过使用时要注意避免用于皮肤破损处，而且可能会引起局部刺激，如红斑、脱屑等，孕妇禁用。他扎罗汀凝胶： 属于第三代维A酸类药物，作用机制与0.1%维A酸乳膏类似，疗效可能相对较好一些，但同样可能导致局部皮肤刺激反应，使用时需遵循医生指导。
抗病毒类药膏：
干扰素凝胶： 具有抗病毒和免疫调节作用，能抑制病毒的复制，增强机体的免疫功能来对抗扁平疣病毒。不过起效时间可能也不是很快，部分人使用后局部可能会有轻度的瘙痒、灼痛等不适。咪喹莫特乳膏： 它可以刺激机体产生干扰素等细胞因子，从而发挥抗病毒效应。使用时要注意避免接触正常皮肤，可能会引起局部红斑、水肿、糜烂等不良反应，妊娠期妇女禁用。
其他药膏：
水杨酸软膏： 水杨酸可以促进表皮的剥脱，有助于去除疣体。但使用时要注意浓度和范围，避免过度刺激正常皮肤，对于皮肤敏感者要谨慎使用。氟尿嘧啶软膏： 有抗病毒的作用，不过它可能会引起局部刺激、色素沉着等不良反应，面部等皮肤薄嫩部位要避免使用，孕妇禁用。需要注意的是，扁平疣的治疗效果因人而异，而且外用药膏的使用要在医生的指导下进行，同时，除了外用药膏治疗外，还可以结合其他治疗方法，如激光、冷冻等，但这些治疗方法也有各自的适应证和注意事项。另外，在治疗过程中要注意保持皮肤清洁，避免搔抓疣体，防止自身接种传播。