治疗扁平疣常用的药膏有维A酸类药膏、抗病毒类药膏等，其中维A酸乳膏一般使用数周可见效。
维A酸类药膏：
维A酸乳膏： 它可以调节表皮细胞的更新，促进表皮细胞的分化，使扁平疣的角质栓脱落。一般需要连续使用数周才能看到效果，但可能会引起局部皮肤刺激，如发红、脱屑等，不过大多数人可以耐受。他扎罗汀凝胶： 属于第三代维A酸类药物，作用机制与维A酸乳膏类似，能改善扁平疣的症状。使用时也要注意可能出现皮肤刺激反应，如烧灼感、红斑等。
抗病毒类药膏：
干扰素凝胶： 具有抗病毒和免疫调节作用。它可以抑制病毒的复制，增强机体的免疫功能来对抗扁平疣病毒。一般需要持续使用一段时间，比如4 - 8周左右，部分人使用后扁平疣会逐渐消退。咪喹莫特乳膏： 它能刺激机体产生干扰素等细胞因子，发挥抗病毒效应。使用时要注意避免接触正常皮肤，可能会出现局部红斑、脱屑等不良反应。
水杨酸类药膏：
水杨酸软膏： 水杨酸可以溶解角质，帮助去除扁平疣表面的角质层，从而使药物更好地发挥作用。一般每周使用1 - 2次，使用时要注意避免用于皮肤破损处，可能会引起局部刺激。复方水杨酸火棉胶： 含有水杨酸等成分，能起到剥脱角质的作用，对扁平疣有一定的治疗作用，但使用时要注意准确涂抹，避免接触周围正常皮肤。需要注意的是，不同的药膏适用于不同的人群，而且使用药膏治疗扁平疣的效果个体差异较大。如果扁平疣数量较多或长时间不消退，可能需要结合其他治疗方法，如冷冻、激光等。同时，在使用药膏过程中要密切观察皮肤反应，如有严重不适要及时就医。