治疗扁平疣常用的药膏有维A酸类药膏、抗病毒类药膏等。一般来说，维A酸类药膏如维A酸乳膏，常用浓度有0.025%、0.1%等，可调节细胞增殖和分化，改善扁平疣症状，但可能会有局部刺激等不良反应。
维A酸类药膏：
维A酸乳膏： 能影响角质形成细胞的生长和分化，对扁平疣有一定治疗作用。使用时要注意避免用于皮肤破损处，且孕妇禁用。一般需要连续使用数周才能看到效果。他扎罗汀凝胶： 属于第三代维A酸类药物，作用机制与维A酸乳膏类似，对扁平疣也有一定疗效。使用时同样要注意避光，避免接触正常皮肤，孕妇及哺乳期妇女禁用。
抗病毒类药膏：
重组人干扰素α-2b凝胶： 具有抗病毒、调节免疫的作用。通过抑制病毒复制，增强免疫细胞活性来发挥治疗扁平疣的效果。一般需要每天涂抹数次，持续使用一段时间，可能会有局部轻度瘙痒、灼痛等不良反应。咪喹莫特乳膏： 可以刺激机体产生干扰素等细胞因子，发挥抗病毒和免疫调节作用。使用时要注意局部皮肤的反应，如出现严重红斑、糜烂等要及时停药，孕妇禁用。
水杨酸类药膏：
水杨酸软膏： 水杨酸有促进角质剥脱的作用，能帮助去除扁平疣表面的角质层，从而改善症状。使用时要注意避免接触正常皮肤，避免用于皮肤破溃处，儿童要在成人监护下使用。一般涂抹后可能会有轻度的刺激感。