肾囊肿发病原因目前尚未完全明确，一般认为可能与多种因素有关。比如先天性发育异常，在胚胎发育过程中，肾小管的发育出现异常，就可能形成肾囊肿，这种情况在一些遗传性肾病相关的肾囊肿中较为常见。
遗传因素相关
常染色体显性遗传： 约70%的肾囊肿是由常染色体显性遗传引起的，也就是我们常说的成人型多囊肾。这种遗传方式会使得基因发生突变，导致肾脏出现多个囊肿，一般在30 - 50岁左右开始出现症状，且有一定的遗传概率，父母一方患病，子女有50%的概率遗传到致病基因。常染色体隐性遗传： 常染色体隐性遗传型多囊肾较为少见，多在婴儿期发病，患儿预后较差，主要是由于基因缺陷导致肾脏和肝脏等多器官出现囊肿。
后天因素影响
年龄因素： 随着年龄的增长，肾囊肿的发生率会逐渐升高。在50岁以上的人群中，通过B超检查发现肾囊肿的比例能达到50%左右。这可能是因为随着年龄增加，肾脏的结构和功能逐渐发生退变，肾小管等结构更容易出现异常变化从而形成囊肿。感染因素： 反复的泌尿系统感染可能会对肾脏组织造成损伤，进而增加肾囊肿的发病风险。比如长期存在肾盂肾炎等泌尿系统感染疾病，炎症刺激肾脏组织，影响肾脏的正常代谢和结构，使得肾小管等部位发生囊性改变。不良生活方式： 长期的高盐饮食会加重肾脏的负担，影响肾脏的正常功能，可能增加肾囊肿发生的几率。还有长期大量吸烟的人，烟草中的有害物质会损害肾脏血管等结构，干扰肾脏的正常生理过程，也可能与肾囊肿的发病有关。