茯苓与茯神都来源于多孔菌科真菌茯苓的干燥菌核，但它们有明显区别。茯苓是整个菌核除去外皮后干燥的部分，而茯神是茯苓抱松木根生长的部分。
来源与外观区别
茯苓来源：茯苓为多孔菌科真菌茯苓的干燥菌核，多于7-9月采挖。其外皮薄而粗糙，呈棕褐色至黑褐色，有明显的皱缩纹理；内部白色或淡粉红色，粉末状。茯神来源：茯神是茯苓抱持松根生长的部分，外形与茯苓相似，但中间有一松树根贯穿。它的质地比茯苓更坚实，表面的纹理等特征也因抱根生长而有一定差异。
药性与功效区别
茯苓药性与功效：茯苓味甘、淡，性平，归心、肺、脾、肾经。具有利水渗湿、健脾、宁心的功效。常用于水肿尿少，痰饮眩悸，脾虚食少，便溏泄泻，心神不安，惊悸失眠等。例如，在治疗脾虚引起的泄泻时，常与党参、白术等配伍使用；治疗水肿时，可与猪苓、泽泻等搭配。茯神药性与功效：茯神味甘、淡，性平，归心经。主要功效是宁心安神，更侧重于治疗心神不安、惊悸、健忘等心经相关的病症。比如，对于心悸失眠且伴有心虚胆怯的患者，茯神常被选用，多与朱砂等配伍以增强宁心安神的作用。
临床应用区别
茯苓临床应用：在临床上，茯苓应用较为广泛。对于泌尿系统疾病导致的水肿，茯苓是常用药之一。同时，在一些调理脾胃虚弱的方剂中也经常出现茯苓，像四君子汤，茯苓配合人参、白术、甘草能起到健脾益气的作用。此外，茯苓还可用于痰湿阻滞引起的眩晕等病症的治疗。茯神临床应用：茯神主要用于神经系统相关的心神不宁病症。比如，一些因思虑过度、心血不足引起的失眠、多梦、健忘等情况，茯神能发挥较好的宁心安神功效。在方剂中，如茯神散，就是专门用于治疗心虚血少导致的惊悸、失眠等病症的。