肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的。据统计，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染所致。
肛腺感染引发
肛腺位置与作用： 肛腺位于肛管直肠周围，开口于肛窦。肛窦容易积存粪便，一旦粪便堵塞肛窦，就会导致肛腺感染。感染的肛腺炎症会向周围组织蔓延，从而引发肛周脓肿。比如，长期便秘的人，粪便干结容易擦伤肛窦，增加肛腺感染风险。感染扩散途径： 感染的肛腺可通过淋巴管向周围组织扩散。炎症会沿着肛管直肠周围的间隙蔓延，由于这些间隙内的组织疏松，感染容易在其中扩散，形成不同部位的肛周脓肿，像坐骨直肠窝脓肿、骨盆直肠间隙脓肿等。
局部损伤诱发
外伤因素： 肛门部位受到外伤，如异物损伤、肛门指检时操作不当等，都可能使细菌侵入肛门周围组织，引发感染进而导致肛周脓肿。例如，异物刺伤肛门后，若没有及时处理，细菌就可能在局部繁殖，引起感染。手术或检查后： 肛门部位进行手术，如痔疮手术等，或者进行肠镜检查等侵入性操作后，如果伤口护理不当，也容易受到细菌感染，从而诱发肛周脓肿。一般来说，术后若没有做好伤口的清洁消毒，感染的概率会增加。
全身疾病影响
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，容易受到细菌感染。肛门周围的组织感染后，难以有效抵抗病菌的侵袭，就更容易发生肛周脓肿。研究表明，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高很多。免疫功能低下者： 像艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的人等，自身免疫功能受到抑制，对感染的抵御能力减弱。一旦肛门周围有细菌入侵，就容易引发感染形成肛周脓肿。比如，长期服用糖皮质激素的患者，免疫功能受到影响，肛周感染的风险增加。