肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，大约80%的肛周脓肿由肛腺阻塞感染导致。肛腺开口在肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受粪便损伤而感染，进而蔓延至肛腺。肛腺形成脓肿后，会向周围间隙扩散，从而引发肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便中的硬物、尖锐异物等容易损伤肛窦，使细菌容易侵入。比如长期便秘的人，大便干结，排便时对肛窦的损伤几率增加，就更容易引发肛腺感染，进而导致肛周脓肿。肛窦炎症： 腹泻时，肠道内的细菌容易进入肛窦，引发肛窦炎症。如果炎症没有及时控制，就可能波及肛腺，导致肛腺感染，最终发展为肛周脓肿。
全身抵抗力下降因素
糖尿病患者： 糖尿病患者血糖控制不佳时，身体抵抗力较低，容易受到细菌感染。据统计，糖尿病患者发生肛周脓肿的几率比正常人高。因为高血糖环境有利于细菌生长繁殖，而且患者自身的抗感染能力减弱，一旦肛腺感染，就更容易发展成肛周脓肿。长期使用免疫抑制剂者： 像器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，他们的免疫系统被抑制，对细菌的抵御能力下降。此时，即使是轻微的肛腺感染，也可能难以自行抵抗，从而引发肛周脓肿。
其他局部因素
肛门直肠损伤： 肛门直肠受外伤，比如异物损伤、肛门指检时操作不当等，都可能使细菌侵入。例如，肛门部位进行不恰当的有创检查或治疗时，细菌容易通过损伤处进入肛腺周围组织，引发感染形成肛周脓肿。肛周皮肤感染： 肛周皮肤的疖、痈等感染性疾病，细菌可蔓延至肛腺周围。比如肛周皮肤长了疖肿，若不及时处理，细菌可能沿着皮下组织蔓延到肛腺区域，导致肛腺感染，进而引发肛周脓肿。