怀孕上厕所发现有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：在怀孕早期，褐色分泌物可能是先兆流产的迹象。这可能是由于胚胎染色体异常、母体激素分泌不足、子宫畸形等原因导致的。孕妇可能还会伴有腹痛、阴道流血等症状。如果出现这些症状，应及时就医，医生一般会建议进行超声检查、孕激素水平测定等，以确定胎儿的情况。如果是先兆流产，医生可能会建议卧床休息、使用孕激素等药物进行保胎治疗。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，俗称宫外孕。宫外孕时，胚胎在输卵管或其他部位生长，随着胚胎的发育，会导致输卵管破裂或流产，引起阴道出血。这种情况下，孕妇会出现剧烈腹痛、阴道大量出血等症状，严重时可能会危及生命。因此，如果怀孕后出现腹痛、阴道出血等症状，应及时就医，进行超声检查等，以排除异位妊娠的可能。
3.宫颈息肉：怀孕后，孕妇体内激素水平会发生变化，宫颈息肉可能会出现充血、水肿，甚至血管破裂，导致阴道出血。这种情况下，出血通常发生在性生活或妇科检查后。如果孕妇有宫颈息肉，在孕前或孕期应及时就医，进行治疗。
4.其他原因：除了上述原因外，胎盘前置、阴道炎、宫颈炎等也可能导致怀孕后阴道出血。
总之，怀孕后出现褐色分泌物需要引起重视，应及时就医，进行相关检查，以确定出血的原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情舒畅，按照医生的建议进行产前检查。