肩胛骨内侧疼可能由多种原因引起。一般来说，肌肉劳损是常见原因之一，长时间保持不良姿势，比如伏案工作超1小时，就容易导致肩胛骨内侧肌肉疲劳、紧张，引发疼痛。
肌肉骨骼系统问题
肩周炎： 多见于50岁左右人群，肩关节周围组织发生炎症，会牵连到肩胛骨内侧出现疼痛，还可能伴有肩关节活动受限，比如手臂上举、外展困难。颈椎病： 当颈椎发生病变，如椎间盘突出压迫神经根时，可能会导致肩胛骨内侧疼，同时还可能伴有上肢麻木、无力等症状，有数据显示约30%的颈椎病患者会出现肩胛骨内侧牵涉痛。
外伤因素
急性外伤： 比如肩部受到撞击、摔倒时肩部着地等，可能导致肩胛骨周围肌肉、骨骼损伤，从而引起肩胛骨内侧疼，受伤后局部可能会有肿胀、淤血等表现。慢性劳损： 长期从事重体力劳动，频繁进行肩部运动，像运动员长期训练等，会使肩胛骨内侧肌肉、韧带反复受损，逐渐出现疼痛，这种情况可能持续数周甚至更久。
内脏疾病牵涉痛
心肺疾病： 例如胸膜炎，炎症刺激可能会引起肩胛骨内侧放射性疼痛，同时还可能伴有胸痛、咳嗽等症状；冠心病发作时，有时也会表现为肩胛骨内侧疼，还可能伴有胸闷、心悸等不适。胆囊疾病： 胆囊炎、胆结石等疾病发作时，也可能出现肩胛骨内侧牵涉痛，一般还会伴有右上腹疼痛、恶心、呕吐等症状。