扁桃体炎的治疗方法需根据病情而定，一般来说，急性扁桃体炎多由细菌或病毒感染引起，70%左右的急性扁桃体炎由A组乙型溶血性链球菌等细菌感染导致。
一般治疗措施
休息与饮食： 患病期间要充分休息，避免劳累。饮食上宜进清淡、易消化的食物，多喝温水，保持咽喉部湿润，同时要避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，以免加重咽喉部不适。口腔清洁： 每天用温盐水漱口，有助于清除口腔内的细菌和食物残渣，减轻扁桃体炎症。一般每天可漱口3 - 4次。
药物治疗方案
抗生素应用： 如果是细菌感染引起的扁桃体炎，常用青霉素类抗生素，如阿莫西林等。青霉素类抗生素对大多数引起扁桃体炎的链球菌有较好的抗菌作用。如果患者对青霉素过敏，可选用头孢菌素类抗生素，如头孢克肟等。抗病毒药物： 对于病毒感染引起的扁桃体炎，如腺病毒等引起的，一般可使用抗病毒药物，如利巴韦林等，但病毒感染多为自限性，使用抗病毒药物主要是缓解症状。
手术治疗情况
手术指征： 当扁桃体炎反复发作，每年发作 4 - 5次以上，已经影响到呼吸和吞咽功能，或者引起了风湿性心脏病、肾炎等并发症时，可考虑手术治疗。手术一般采用扁桃体切除术，目前多采用低温等离子切除等较为先进的手术方式，术后恢复相对较快。手术禁忌证： 急性炎症期一般不宜手术，应等炎症消退2 - 3周后再考虑手术；患者患有造血系统疾病、免疫缺陷病等情况时也不宜手术；女性患者月经期间一般也不建议手术。
中医治疗方式
中药方剂： 中医认为扁桃体炎多由风热外侵、肺胃热盛等引起。如果是风热外侵证，可选用银翘散加减，具有疏风清热、消肿利咽的作用；如果是肺胃热盛证，可选用清咽利膈汤加减，以清泄肺胃、解毒消肿。中医外治： 可采用吹喉法，将冰硼散、锡类散等中药散剂吹敷于咽喉部，起到清热解毒、消肿止痛的作用；也可采用针灸疗法，针刺合谷、内庭、少商等穴位，有一定的清热利咽效果。