胃肠功能紊乱的治疗药物需根据具体症状选择，比如调节胃肠动力的药物多潘立酮，一般能在一定程度上缓解胃肠动力不足的情况。
调节胃肠动力的药物
多潘立酮： 可促进胃肠蠕动，帮助改善消化不良等症状，它能增强胃蠕动，协调胃与十二指肠运动，一般对因胃肠动力不足引起的胃肠功能紊乱有一定作用，但需注意儿童使用要谨慎，需在医生指导下根据年龄等情况使用。莫沙必利： 也是促进胃肠动力的药物，能刺激胃肠道蠕动，加快胃排空，对于胃肠功能紊乱导致的腹胀、早饱等症状有缓解作用，不过也有一些注意事项，比如有胃肠道出血、肠梗阻或穿孔的患者禁用。
调节肠道菌群的药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善因肠道菌群失调引起的胃肠功能紊乱，儿童也可以使用，但要注意储存条件，需冷藏保存，保证药物活性。枯草杆菌二联活菌颗粒： 同样是调节肠道菌群的药物，含有枯草杆菌和肠球菌等，可补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，对于儿童胃肠功能紊乱有一定的调节作用，使用时要按照儿童的年龄和体重等正确服用。
缓解腹痛等症状的药物
匹维溴铵： 主要用于缓解肠道功能紊乱引起的疼痛、排便异常等症状，它是选择性作用于胃肠道平滑肌的钙通道阻滞剂，能减少结肠动力，对胃肠功能紊乱导致的腹痛等有改善作用，不过孕妇要慎用。曲美布汀： 可调节胃肠道运动，对胃肠道功能具有双向调节作用，既能抑制运动亢进肌群的运动，又能增进运动功能低下肌群的运动，对于胃肠功能紊乱引起的多种症状有缓解效果，比如可以改善食欲不振、恶心、呕吐等情况，老年人使用时也需要注意观察身体反应。