肛周脓肿主要是肛腺感染引起的。肛腺就像藏在肛门周围的小腺体，当肛腺发生感染后，炎症会逐渐蔓延，形成脓肿。据统计，约90%的肛周脓肿与肛腺感染相关。
一、肛腺感染引发
肛腺位置特点： 肛腺位于肛门瓣下方，开口于肛窦，而肛窦容易积存粪便等异物，一旦粪便等堵塞肛窦，就会导致肛腺感染。比如，长期便秘的人，大便干结容易擦伤肛窦，进而引发肛腺感染。感染扩散途径： 感染的肛腺会沿着肛管直肠周围的间隙蔓延，因为这些间隙内的疏松结缔组织丰富，炎症很容易扩散开来。例如，感染向上蔓延可能波及直肠后间隙，向下可能蔓延至肛周皮下间隙。
二、肛周皮肤感染导致
皮肤损伤因素： 肛门周围的皮肤如果受到外伤，像被异物划伤、肛周皮肤受摩擦等，就容易让细菌侵入。比如，经常腹泻的人，粪便刺激肛周皮肤，加上频繁擦拭等动作可能造成皮肤微小损伤，细菌就有可乘之机。汗腺与皮脂腺感染： 肛门周围的汗腺和皮脂腺如果发生感染，也可能引发肛周脓肿。比如，汗腺分泌旺盛时，若清洁不及时，细菌容易在汗腺内繁殖，进而引起感染形成脓肿。
三、身体免疫力低下相关
免疫力降低情况： 当人体免疫力低下时，比如患有糖尿病等基础疾病的人，身体抵御细菌感染的能力下降。糖尿病患者血糖控制不佳时，高血糖环境有利于细菌生长繁殖，更容易发生肛周感染并形成脓肿。长期使用免疫抑制剂者： 像接受器官移植后长期使用免疫抑制剂的人，免疫系统被抑制，对细菌的防御能力减弱，肛周感染的风险也会增加。例如，这类患者发生肛周脓肿的概率比正常人要高很多。