干燥综合症的发病原因目前尚未完全明确，一般认为可能与遗传、免疫、病毒感染等多种因素有关。据研究显示，遗传因素在其发病中起到一定作用，约10%的干燥综合症患者有家族史。
遗传因素方面
人类白细胞抗原（HLA）相关： 某些HLA基因与干燥综合症的发病密切相关。例如，HLA - DR3、HLA - DR4等基因在干燥综合症患者中的携带频率高于正常人群。研究发现，携带这些特定HLA基因的个体，其免疫系统更容易出现异常反应，从而增加了患干燥综合症的风险。家族聚集性： 家族中有亲属患干燥综合症时，其他成员患病的几率比普通人群要高一些。虽然具体的遗传传递方式还不完全清楚，但遗传背景在发病中起到了重要的基础作用。
免疫因素方面
自身免疫反应异常： 患者体内存在多种自身抗体，如抗SSA抗体、抗SSB抗体等。这些自身抗体攻击自身的唾液腺、泪腺等外分泌腺体，导致腺体的功能受损。例如，抗SSA抗体可以与唾液腺细胞表面的抗原结合，激活免疫系统，引发炎症反应，逐渐破坏唾液腺的结构和功能，使得唾液分泌减少，出现口干的症状；同理，对泪腺的攻击会导致泪液分泌不足，引起眼干。T细胞和B细胞异常： T细胞和B细胞在免疫系统中发挥着重要作用。在干燥综合症患者体内，T细胞的免疫调节功能出现紊乱，不能正常调控B细胞的活性。B细胞则过度活化，产生大量的自身抗体，进一步加剧了自身免疫性的损伤过程，导致外分泌腺体持续受到攻击。
病毒感染因素方面
EB病毒感染： EB病毒是一种常见的疱疹病毒。研究发现，EB病毒感染可能与干燥综合症的发病有关。EB病毒可以感染唾液腺上皮细胞等组织，改变细胞的特性，使得免疫系统将这些被感染的细胞识别为外来异物，从而引发免疫反应。长期的EB病毒感染可能持续刺激免疫系统，导致自身免疫性损伤的发生，增加干燥综合症的发病几率。丙型肝炎病毒感染： 有研究表明，丙型肝炎病毒感染也与干燥综合症的发病存在一定关联。丙型肝炎病毒感染后，可能通过多种机制影响免疫系统，促使自身免疫反应的发生，进而参与干燥综合症的发病过程。不过，具体的病毒感染导致干燥综合症发病的详细机制还在进一步的研究探索中。