肝区疼痛主要原因有多种，其中肝脏本身的病变较为常见，比如约有50%以上的肝癌患者会出现肝区疼痛，多呈持续性胀痛或钝痛。
肝脏病变导致的肝区疼痛
肝炎： 各类肝炎，像病毒性肝炎（甲肝、乙肝、丙肝等），炎症会使肝脏肿大，牵扯肝包膜，从而引发肝区疼痛，部分患者还可能伴有乏力、黄疸等症状。肝脓肿： 细菌等病原体感染肝脏形成脓肿，脓肿会刺激周围组织，导致肝区出现持续的胀痛，同时患者往往伴有高热、寒战等表现。
胆道系统疾病引起的肝区疼痛
胆囊炎： 胆囊发生炎症时，炎症刺激可放射至肝区，引起疼痛，疼痛多在进食油腻食物后加重，还可能伴有恶心、呕吐等症状。胆管结石： 胆管内有结石阻塞，会引起胆管梗阻，导致肝区出现隐痛或胀痛，有时疼痛较为剧烈，还可能出现黄疸等情况。
邻近组织病变导致的肝区疼痛
胸膜炎： 胸膜发生炎症，比如胸膜炎，炎症刺激会波及到肝区周围，引起肝区牵涉痛，疼痛往往与呼吸运动有关，深呼吸或咳嗽时疼痛会加重。膈下脓肿： 膈下部位发生脓肿，脓肿刺激周围组织，也可能导致肝区出现疼痛，同时伴有发热、乏力等全身症状。
其他原因导致的肝区疼痛
外伤： 腹部受到外力撞击等外伤时，可能导致肝脏或周围组织损伤，引起肝区疼痛，有明确的外伤史是重要特点。心理因素： 长期的焦虑、抑郁等心理状态，也可能引起躯体化的肝区疼痛，但这种疼痛往往没有器质性病变基础，可能会伴随情绪方面的其他表现。