肛瘘若要治愈必须进行手术治疗，不能不手术，但手术时间可依据患者病情状况来决定。若处于疾病稳定期，可暂且不进行手术处理；若处于疾病发作期，则需要进行手术处理。
一、处于疾病稳定期：部分患者在这一时期可能并无任何表现，此时可不进行手术处理，但应遵循医嘱进行药物治疗，比如可采用高锰酸钾溶液坐浴，或使用中药液熏洗。
二、处于疾病发作期：这时患者会有累及部位的疼痛、肿胀、流脓等表现，需在机体能耐受手术的情况下实施手术治疗，包含肛瘘切开术、挂线疗法、肛瘘切除术等。若不进行手术治疗，可能会致使肛门持续出现脓性分泌物，还会累及周围皮肤引发湿疹，甚至造成全身感染。对于进行手术的患者，术后要注重创面护理，还需保证每日排便。为避免因大便干硬而影响排便，可在饮食上作出调整，建议以流食或半流食为主，能增加粪便中的水分。在恢复过程中除上述需注意的方面，还要明确避免久坐或长时间站立，以防疾病复发。
总之，肛瘘治疗要根据病情选择合适的时机手术，术后要做好多方面护理，以促进康复和防止复发。