萎缩性胃炎和非萎缩性胃炎可以通过胃镜下表现来区分，萎缩性胃炎在胃镜下可见胃黏膜色泽变淡，皱襞变细平坦，黏液变薄，有时可见黏膜血管纹；而非萎缩性胃炎胃镜下多表现为黏膜充血、水肿、色泽红润等。
内镜下表现差异
萎缩性胃炎：胃镜下胃黏膜呈现萎缩改变，比如胃黏膜变薄，血管透见明显，黏膜皱襞变平甚至消失等。一般萎缩性胃炎的黏膜色泽多为灰白或灰黄，与周围正常黏膜界限常较清楚。非萎缩性胃炎：胃镜下胃黏膜通常是充血、水肿状态，黏膜色泽发红，可见点片状糜烂、出血等表现，黏膜皱襞基本正常，没有明显的变薄、血管透见等萎缩改变。
病因方面的区别
萎缩性胃炎：其发生可能与幽门螺杆菌（Hp）感染、自身免疫、胆汁反流、长期吸烟饮酒、长期服用非甾体类抗炎药等多种因素有关。其中幽门螺杆菌感染是比较重要的因素，有研究显示约50% - 80%的慢性萎缩性胃炎患者存在幽门螺杆菌感染。另外，自身免疫因素导致的萎缩性胃炎，多见于自身免疫性疾病患者，体内会产生攻击胃黏膜的自身抗体。非萎缩性胃炎：主要病因也是幽门螺杆菌感染，另外，不良的生活习惯，像长期饮食不规律、经常吃辛辣刺激或过于油腻的食物、精神压力过大等，也容易引发非萎缩性胃炎。比如长期精神高度紧张的人，胃肠功能容易紊乱，更易出现非萎缩性胃炎相关症状。
症状表现有别
萎缩性胃炎：患者症状相对不典型，可能有上腹部隐痛、胀满、嗳气，食欲不振，消瘦、贫血等表现。而且萎缩性胃炎患者发生消化不良的情况相对较多，症状可能会持续存在或反复发作。非萎缩性胃炎：症状多样，有的患者可能有上腹部疼痛，疼痛性质可为隐痛、胀痛等，还可能出现反酸、烧心、恶心、呕吐等症状，部分患者症状可能在进食后有所加重，也有的患者症状时轻时重，与饮食、情绪等因素关系较为密切。