早上起来小腹胀痛的原因主要包括：生理反应、不当饮食、尿路感染、肠道病变。具体如下：
一、生理反应：在清晨起床时，人可能因睡姿等因素而有腹部不适，比如会有不太明显的排便感、腹胀等情况，这属于正常状况。通常无需特殊处理，稍作休息后症状往往会自行缓解。
二、不当饮食：如果晚餐进食了辛辣、油腻、冰冷等类型的食物，那么在清晨就可能出现小腹胀痛的感觉，严重时甚至会伴有腹痛腹泻。一般可在医生指导下服用一些药物来缓解，如复方消化酶胶囊、枸橼酸莫沙必利胶囊等，日常要注意饮食保持清淡，避免食用辛辣、油腻的食物。
三、尿路感染：小腹胀痛是尿路感染的表现之一，在发病期间还会同时伴有尿频、尿急、尿不净等不舒服的感觉。建议按照医生的指导进行药物治疗，比如盐酸左氧氟沙星胶囊、三金片等，这些药物能够有效减轻小腹胀痛的症状。
四、肠道病变：肠道息肉、恶性肿瘤等都可能引发小腹胀痛，如果长期在晨起时都有明显的小腹胀痛，建议患者及时就医，进行相关检查，然后根据具体情况进行针对性治疗，一般会采取肿瘤切除手术来进行处理。
总之，早上起来小腹胀痛的原因多样，需根据具体情况进行判断和处理，必要时及时就医诊断和治疗。