肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿与肛腺阻塞感染有关。肛腺开口于肛窦，肛窦易受损伤及细菌的侵袭，从而引起肛腺感染，感染可蔓延至肛周间隙，形成脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便干结等原因容易导致肛窦损伤，比如长期便秘的人，大便过硬可能划伤肛窦，使细菌容易侵入肛腺。据统计，约有85%的肛周脓肿患者存在肛窦损伤的情况。细菌感染： 常见的引起肛腺感染的细菌有大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等。这些细菌从损伤的肛窦侵入肛腺后，会在腺体内繁殖，引发炎症，进而向周围组织蔓延形成脓肿。
自身免疫力因素
免疫力低下人群： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，容易发生肛周脓肿。研究发现，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高3 - 5倍。因为高血糖环境有利于细菌生长繁殖，且患者自身的抗感染能力减弱。长期使用免疫抑制剂人群： 比如器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，他们的免疫系统受到抑制，对细菌的抵御能力降低，也更容易患上肛周脓肿。
其他相关因素
肛门局部卫生不佳： 不注意肛门局部清洁，会使细菌容易在肛周滋生，增加肛腺感染的风险。例如，有些人平时不经常清洗肛门周围，导致污垢堆积，细菌大量繁殖，进而引发肛周脓肿。肛肠疾病影响： 患有肛裂、痔疮等肛肠疾病的人，也较容易出现肛周脓肿。比如肛裂患者，裂口处容易受到细菌感染，炎症可能扩散到周围组织引起肛周脓肿；痔疮患者由于肛周静脉丛淤血肿胀，局部血液循环不畅，也利于细菌滋生，增加了肛周脓肿的发生几率。