肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿由肛腺阻塞感染所致。
肛腺感染相关原因
肛腺解剖特点：肛腺开口于肛窦，肛窦易受粪便损伤而引发感染，感染可蔓延至肛腺。肛窦形似口袋，粪便容易积存其中，就增加了肛腺被感染的风险。肛窦损伤因素：腹泻时粪便刺激肛窦，或者便秘时干硬粪便擦伤肛窦，都容易导致肛窦发炎，进而波及肛腺。比如长期腹泻的人，就比一般人更易出现肛腺感染相关的肛周脓肿问题。
免疫力低下引发
糖尿病患者：糖尿病患者血糖控制不佳时，机体免疫力下降，白细胞的杀菌功能受影响，容易让细菌在肛周部位滋生感染，从而引发肛周脓肿。据统计，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高不少。长期使用免疫抑制剂人群：像器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，他们的免疫系统处于被抑制状态，对细菌等病原体的抵御能力减弱，肛周部位就容易受到细菌侵袭形成脓肿。
肛周局部损伤导致
外伤：肛门部位受到外力撞击、异物插入等外伤时，皮肤或黏膜受损，细菌容易侵入伤口引发感染。比如有过肛门部位外伤史的人，就存在较高的肛周脓肿发病风险。肛门直肠手术：如痔疮手术、肛瘘手术等肛门直肠相关手术，如果术后护理不当，也可能导致局部感染，进而引发肛周脓肿。术后如果创口没有得到良好的清洁和护理，细菌容易在创口处繁殖，引起感染形成脓肿。