肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿由肛腺感染导致。肛腺开口在肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受损伤引发感染，进而累及肛腺，炎症蔓延就可能形成肛周脓肿。
一、肛窦损伤相关原因
1. 粪便刺激： 粪便中若有坚硬的异物、粗糙的食物残渣等，容易划伤肛窦。据统计，约有15% - 20%的肛周脓肿患者是因为粪便长期刺激肛窦引发感染所致。比如长期便秘的人，粪便干结，排便时对肛窦的损伤几率就会增加。2. 腹泻影响： 频繁腹泻时，肠道分泌物会频繁刺激肛窦，使肛窦处于炎症的易感染状态。有研究发现，慢性腹泻患者发生肛周脓肿的风险比正常人高2 - 3倍。像一些患有炎症性肠病的患者，长期腹泻，就更容易出现肛周脓肿问题。
二、免疫力低下因素
1. 糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，白细胞的吞噬功能受到影响，容易遭受细菌感染。临床数据显示，糖尿病患者并发肛周脓肿的概率比非糖尿病患者高5 - 8倍。例如，血糖长期高于10mmol/L的糖尿病患者，肛周脓肿的发病风险明显升高。2. 长期使用免疫抑制剂人群： 像器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，其免疫系统被抑制，对细菌的抵御能力减弱。这类人群发生肛周脓肿的风险比正常人群高出10倍左右。比如肾移植术后服用免疫抑制剂的患者，在术后3 - 6个月内是肛周脓肿的高发期。
三、肛周局部感染扩散
1. 肛管直肠周围组织感染蔓延： 肛管直肠周围的其他组织发生感染，如肛管炎、直肠炎等，炎症可能会向周围蔓延，累及肛周间隙从而引发脓肿。例如肛管炎如果没有及时控制，炎症扩散到肛周皮下间隙，就可能形成肛周皮下脓肿。2. 肛瘘相关感染： 肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，肛瘘内的细菌感染也可能扩散到周围组织，导致肛周脓肿。大约有20% - 30%的肛瘘患者会合并肛周脓肿，当肛瘘内的感染灶压力增大时，就会突破周围组织形成脓肿。