最里面的牙肉肿通常是智齿冠周炎引起的，这是最常见的原因，约占此类情况的60% - 70%。当然，也可能是牙龈炎、根尖周炎等疾病导致。
智齿冠周炎导致的牙肉肿
智齿萌出不全： 人类的智齿往往萌出空间不足，大约有30% - 40%的人智齿不能完全萌出，牙冠部分被牙龈覆盖，形成一个较深的盲袋，食物残渣容易嵌塞在盲袋内，细菌就会在里面滋生繁殖，引发炎症，导致最里面的牙肉肿。局部创伤： 咀嚼食物时，智齿周围的牙龈可能会受到咬伤等创伤，这也为细菌入侵创造了条件，从而引起牙肉肿。一般这种创伤导致的牙肉肿，局部会有明显的疼痛、红肿表现。
牙龈炎引起的牙肉肿
口腔卫生不良： 如果不注意口腔清洁，口腔内的牙菌斑、牙结石会不断堆积，刺激牙龈组织，引发牙龈炎。据统计，有超过80%的牙龈炎患者是因为口腔卫生差导致的。牙菌斑是一种无色的粘性薄膜，长期附着在牙齿表面，如果不及时清除，就会逐渐钙化形成牙结石，进一步加重对牙龈的刺激。刷牙方法不正确： 采用横刷法刷牙或者刷牙力度过大，都可能损伤牙龈，使牙龈容易发炎肿胀。正确的刷牙方法应该是巴氏刷牙法，每次刷牙时间不少于3分钟，这样才能有效清洁牙齿和牙龈。
根尖周炎引发的牙肉肿
龋齿未及时治疗： 当牙齿发生龋齿后，如果没有及时进行补牙等治疗，细菌会感染到牙髓，进而发展为根尖周炎。大约有20% - 30%的根尖周炎患者是因为龋齿没有得到及时处理导致的。比如，一颗牙齿的龋洞越来越深，细菌从龋洞进入牙髓腔，引起牙髓发炎，炎症扩散到根尖周组织，就会导致最里面的牙肉肿。外伤导致： 牙齿受到外力撞击等外伤后，也可能引发根尖周炎，从而出现牙肉肿的情况。这种外伤导致的根尖周炎，患者往往能回忆起牙齿受伤的经历，并且受伤部位的牙齿可能有变色等表现。