脚长跖疣主要是由人类乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，尤其是HPV-1型病毒。一般人体皮肤黏膜有破损时，就容易感染该病毒从而长出跖疣。
病毒直接感染
HPV的传播特性： HPV广泛存在于自然环境中，当脚部皮肤有微小破损，比如走路摩擦产生的小伤口等，病毒就容易通过这些破损处侵入皮肤细胞，进而在细胞内繁殖，导致皮肤细胞异常增生，形成跖疣。比如在公共浴室、游泳池等公共场所，接触到被HPV污染的地面、物品等，就有感染风险。
自身接种传播
搔抓等引起扩散： 如果脚上已经有了跖疣，患者用手搔抓跖疣部位后，再去接触身体其他部位的皮肤，就可能把病毒接种到其他部位，引起新的跖疣。例如，搔抓跖疣后又去抓脚部其他地方或者身体其他部位，就可能让病毒传播开来，导致更多跖疣出现。
环境因素影响
潮湿环境利于病毒生存： 脚部长期处于潮湿的环境中，比如穿不透气的鞋子、长时间脚部出汗等情况，会为HPV的存活和繁殖提供有利条件。因为潮湿的环境能让皮肤的屏障功能相对减弱，更易让病毒侵入，而且有利于病毒在局部皮肤持续感染，增加长跖疣的几率。像一些喜欢运动、脚部容易出汗的人，如果不及时更换干爽的袜子和鞋子，就更容易长跖疣。