桥本病是一种自身免疫性甲状腺疾病，其发病原因目前尚未完全明确，但与以下因素密切相关。首先，遗传因素在桥本病的发病中起到一定作用，有研究表明，约15% - 20%的桥本病患者有阳性家族史，亲属中患自身免疫性甲状腺疾病的风险会相对增高。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 若家族中有亲属患有桥本病，那么其他家庭成员患桥本病的概率会比普通人群高。比如一个家庭中父母一方患有桥本病，其子女患桥本病的风险大约比无家族史的人群高5% - 10%左右。基因易感性： 特定的基因位点与桥本病的易感性相关，某些基因的突变或多态性会增加人体发生自身免疫反应攻击甲状腺组织的可能性。
自身免疫因素方面
免疫系统异常攻击： 正常情况下，免疫系统能够识别自身的组织并加以保护。但在桥本病患者体内，免疫系统出现紊乱，错误地将甲状腺组织当作外来的异物进行攻击。例如，体内会产生甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等多种自身抗体，这些抗体持续作用于甲状腺，导致甲状腺滤泡细胞受损，影响甲状腺的正常功能。自身免疫反应的启动： 可能是由于某些未知的触发因素，比如感染（如病毒感染等），引发了自身免疫系统对甲状腺的异常攻击。当病毒等病原体侵入人体后，可能会改变甲状腺细胞的抗原性，从而启动自身免疫反应，使得免疫系统开始持续攻击甲状腺。
环境因素方面
辐射暴露： 过量的辐射暴露可能会诱发桥本病。比如在儿童时期接受过颈部放疗，患桥本病的风险会明显增加。研究发现，颈部受到10 - 50Gy的辐射剂量后，患桥本病的概率比未接受辐射的人群高2 - 3倍。碘摄入异常： 碘是合成甲状腺激素的重要原料，碘摄入过多或过少都可能影响甲状腺的正常功能，进而诱发桥本病。例如，长期摄入高碘饮食的人群，患桥本病的风险会有所升高；而长期缺碘地区的人群，虽然缺碘主要会导致单纯性甲状腺肿，但也有部分人可能会合并桥本病。