桥本病也叫慢性淋巴细胞性甲状腺炎，它的发生是多种因素共同作用的结果。目前认为遗传因素在其中起到一定作用，有研究显示约15% - 20%的桥本病患者有家族遗传倾向。
遗传因素方面
基因易感性： 人体的某些基因变异会增加患桥本病的风险。比如一些与免疫调节相关的基因发生突变或异常表达时，就可能影响免疫系统对甲状腺组织的识别，从而引发桥本病。有家族成员患有桥本病的人群，相对其他人来说，患桥本病的概率会比没有家族史的人高出数倍。
自身免疫因素
免疫系统攻击甲状腺： 正常情况下，免疫系统会识别和清除外来的病原体等异物。但在桥本病患者体内，免疫系统出现了异常，错误地将甲状腺组织当作外来的“敌人”进行攻击。具体来说，体内会产生针对甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等自身抗体。这些抗体持续攻击甲状腺细胞，导致甲状腺组织逐渐受损，引发炎症反应，长期以往就会影响甲状腺的正常功能。
环境因素影响
感染因素： 某些病毒感染可能会诱发桥本病。例如，柯萨奇病毒、EB病毒等感染人体后，可能会触发自身免疫反应，进而波及甲状腺。有研究发现，在一些桥本病患者发病前，有过病毒感染的经历，而且感染可能是诱发自身免疫反应攻击甲状腺的一个诱因。碘摄入异常： 碘是合成甲状腺激素的重要原料。如果碘摄入过多或过少都可能影响甲状腺的正常功能，增加桥本病的发病风险。比如，长期摄入过量的碘，可能会干扰甲状腺的自身免疫平衡，促使自身抗体产生，从而引发桥本病；而碘摄入不足时，甲状腺为了合成足够的甲状腺激素，会处于一种相对活跃的状态，也容易导致自身免疫反应的发生。