桥本氏病是一种自身免疫性甲状腺疾病，目前其确切病因尚未完全明确，但有一些相关因素被认为与它的发生有关。一般来说，遗传因素在桥本氏病的发病中起到一定作用，研究发现约有10% - 15%的桥本氏病患者有阳性家族史，也就是说家族中有亲属患桥本氏病的人，其自身患病风险相对会高一些。
遗传因素方面
基因易感性： 人体的基因决定了免疫系统的功能等多方面情况。某些特定的基因变异会使机体更容易出现免疫系统错误攻击甲状腺的情况。比如一些与免疫调节相关的基因发生突变或携带特定的基因多态性，就可能增加患桥本氏病的几率。家族聚集现象： 如果家族中第一代亲属（如父母、兄弟姐妹）有人患有桥本氏病，那么其他家族成员患桥本氏病的风险比普通人群要高2 - 3倍左右。这充分体现了遗传在其中的影响。
自身免疫因素
免疫系统异常激活： 正常情况下，免疫系统能够识别和清除外来的病原体等异物。但在桥本氏病患者体内，免疫系统出现了异常，错误地将甲状腺组织当作外来的有害物质进行攻击。具体来说，体内会产生多种针对甲状腺的自身抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）和甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等。当这些抗体水平明显升高时，就会持续破坏甲状腺细胞，导致甲状腺功能逐渐出现异常。免疫调节失衡： 机体的免疫调节机制出现紊乱，例如辅助性T细胞（Th细胞）的平衡被打破。Th细胞有Th1和Th2等不同亚型，正常情况下它们之间保持着平衡状态来维持正常的免疫功能。而在桥本氏病患者体内，Th1/Th2平衡失调，Th1细胞活性增强，导致更多的炎性因子释放，进一步加重对甲状腺的损伤。
环境因素影响
感染因素： 某些病毒感染可能会诱发桥本氏病。比如柯萨奇病毒、EB病毒等感染人体后，可能会引发机体的免疫反应，这种免疫反应在一定条件下可能波及甲状腺，启动自身免疫攻击甲状腺的过程。有研究发现，在一些桥本氏病患者发病前，有过病毒感染的经历。辐射暴露： 长期接受过量的辐射，比如头部或颈部受到放射性治疗、职业性接触放射性物质等，会损伤甲状腺细胞，使甲状腺细胞的稳定性受到影响，从而增加患桥本氏病的风险。例如，在儿童时期颈部接受过放疗的人群，成年后患桥本氏病的几率比没有接受过放疗的人群要高不少。